В Советской Армии с 1960 года. Окончил Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище (1962). Служил в Ракетных войсках стратегического назначения, в 62-й Ужурской ракетной дивизии: старший инженер группы, начальник расчёта, начальник отделения, заместитель командира группы, с 1970 года — командир группы.Окончил командный факультет Военной академии имени Ф. Э. Дзержинского в 1975 году.
С 1975 года — заместитель командира ракетного полка по боевому управлению.
С 1976 года — командир технической ракетной базы в 41-й Алейской ракетной дивизии 33-й гвардейской Омской ракетной армии.
С 1980 года — заместитель командира 57-й ракетной дивизии (Жангизтобе).
С апреля 1982 по ноябрь 1984 года — командир 13-й ракетной дивизии Оренбургской ракетной армии (дивизия дислоцировалась в посёлке Домбаровский Оренбургской области), в которой шло перевооружение на ракету Р-36М УТТХ.
С 1984 года — заместитель начальника Главного управления эксплуатации ракетного вооружения РВСН.
С 1985 года — заместитель командующего 31-й Оренбургской ракетной армией.Окончил Военную академию Генерального штаба Вооружённых Сил СССР в 1989 году.
С 1989 года -начальник 6-го Управления РВСН.
С апреля 1992 года — первый заместитель начальника 12-го Главного управления Министерства обороны Российской Федерации. Генерал-лейтенант (14.11.1992).
С 8 сентября 1997 года — начальник 12-го Главного управления Министерства обороны Российской Федерации. 12-е Главное управление Минобороны России осуществляет руководство эксплуатацией, хранением, обслуживанием, транспортировкой и утилизацией ядерных боеприпасов всех типов и назначения.
В 2005 году И. Н. Валынкин заявил, что в 2002 и в 2003 годах имели место попытки чеченских террористов завладеть ядерными зарядами, но обе были пресечены на этапе сбора информации об объектах хранения и перевозках ядерного вооружения. Задержанные были переданы в ФСБ России.
В декабре 2005 года уволен в отставку с действительной военной службы по возрасту. Доктор технических наук.