Начинал пианистом в ночных клубах Гаваны в 30-е годы и добился известности как композитор и аранжировщик, участвовал во многих музыкальных проектах, в частности, с Бени Море, Ритой Монтанер и Нэтом Кингом Коулом. После победы кубинской революции в 1959 году, повлёкшей за собой ограничения личных свобод, в октябре 1960 года эмигрировал в Мексику и впоследствии в США, в то время как его семья осталась на Кубе.
На европейских гастролях в 1963 году у Вальдеса завязался роман со шведкой Розой Марией Персон, которая стала позднее его второй женой. Супруги обосновались в Стокгольме, где Бебо Вальдес в безвестности работал в ресторанах, отелях и на круизных судах.
В 1994 году эмигрировавший с Кубы джазовый музыкант Пакито Д"Ривера помог ему начать заново мировую карьеру, обеспечив ему контракт на альбом Bebo Rides Again с немецким музыкальным лейблом Messidor. Известность пришла в 2000 году после выхода документального фильма Фернандо Труэбы, посвящённого латиноамериканскому джазу, в котором наряду с другими звёздами жанра снялись Бебо Вальдес со своим сыном Чучо.
В 2002—2009 годах альбомы Бебо Вальдеса El arte del sabor, Lagrimas negras, Bebo de Cuba und Juntos para siempre трижды награждались премией «Грэмми» и шесть раз — «Латинской Грэмми» . Альбом Lagrimas negras, выпущенный совместно с испанским певцом фламенко Диего эль Сигалой был назван New York Times «лучшим альбомом года» .
В браке с первой супругой, певицей Пилар Родригес, у Бебо родились сыновья Чучо, Рауль и Рамон, а также дочери Мириам и Майра.
И сын Чучо, и внук Чучито также прославились на джазовом поприще. Со своим сыном Чучо Бебо увиделся вновь только спустя 18 лет в 1978 году, когда тот гастролировал в Нью-Йорке.
В 2008 году Бебо и Чучо Вальдесы выпустили альбом Juntos para siempre («Вместе навсегда» ) и затем отправились на совместные гастроли. Во втором браке у Бебо родились сыновья Раймонд и Рикард.
С 2007 года Вальдес проживал в Бенальмадене, в андалусской провинции Малага, где с ним в последние годы часто проводил время его сын Чучо. Покинув Кубу в 1960 году, Бебо Вальдес больше никогда не возвращался на родину.
Он обещал вернуться на Кубу только после падения режима Кастро, потому что по его высказыванию «не выносит диктатур» . Несмотря на его резко негативную позицию в отношении кубинских властей, средства массовой информации Кубы называли Бебо Вальдеса великим кубинским артистом.Бебо Вальдес страдал болезнью Альцгеймера. Незадолго до его смерти дети Бебо от второго брака забрали отца в Стокгольм в связи с ухудшением его состояния здоровья.