Сын профессора медицины Пизанского университета.
В 1787 вместе с братом отправился в Париж, где под руководством Пьера Жозефа Дезо изучал медицину, а также химию, физику и математику в университетах Парижа и Лондона, посвящая свои силы, главным образом, хирургии.
В Лондоне был учеником хирурга Джона Хантера.
В 1791 году вернулся в Пизу, где продолжил изучение медицины и хирургии.
В 1799 году вернулся в Париж, где стажировался у Филиппа Жана Пеллетана (1747—1829) и Антуана Дюбуа (1756—1837).
В 1800 издал свой первый труд «Курс венерических болезней» .
В том же году был избран профессором хирургии в Пизе, для медицинского факультета которой его вступление составило новую эпоху. Был инициатором создания в Пизе медицинской хирургической школы.Поддерживал дружбу с анатомом Паоло Масканьи.Пользовался славой выдающегося практика, и имя его привлекало больных в Пизу из многих стран мира.
Он обнародовал целый ряд выдающихся работ и написал несколько руководств, усовершенствовал способы различных хирургических операций.Во время пребывания в Пизе, писатели Перси Биши Шелли и его жена Мэри Шелли, имели возможность познакомиться и оценить знаменитого врача Вакка-Берлингиери, разделявшего их страсть к архитектуре, поэзии и эзотерике. Знаменитый готический роман Мэри Шелли «Франкенштейн» , был написан под впечатлением встреч и знакомства с Андреа Вакка-Берлингиери.