Александр Тимофеевич Вакин родился в Ржеве в 1903 году.
В 1927 году окончил Петроградский лесной институт, ещё будучи студентом работал на кафедре фитопатологии под руководством профессора С. И. Ванина.
С 1929 года работал в лаборатории микологии и хранения древесины, которая принадлежала ВНИИ древесины в Кунцеве под Москвой, а в 1932 году была переведена в ЦНИИ механической обработки древесины (ЦНИИМОД).
В 1937 году А. Т. Вакину присуждена учёная степень кандидата сельскохозяйственных наук без защиты диссертации.
В 1939—1942 годах — заведующий лабораторией микологии. Во время войны ЦНИИМОД находился в эвакуации в Свердловской области, в Тавде.
В этот период А. Т. Вакин исполнял обязанности директора института.