Йонас Вайткус родился 20 мая 1944 года в деревне Армонай[lt]. Высшее образование получил в Ленинградском государственном институте театра, музыки и кинематографии (ныне — Российский государственный институт сценических искусств), позже учился на двухгодичных курсах Государственного комитета по кинематографии в Москве.Йонас Вайткус работал главным режиссёром Шяуляйского драматического театра (1974—1975), главным режиссёром Каунасского государственного драматического театра (1975—1978), режиссёром на Литовской киностудии (1980—1990), художественным руководителем Государственного литовского драматического театра (1990—1994), с 1981 года преподавал актёрское мастерство в Литовской академии музыки и театра; профессор (2006).
С 1991 года преподавал в Эмерсон-колледже (США), Статен-театре в Норвегии, Хельсинкской государственной высшей театральной школе, Копенгагенской национальной театральной школе, Краковской театральной академии.
С 2008—2018 гг. — художественный руководитель Русского драматического театра Литвы.
С лета 2018, после скандала, был отстранен от работы со студентами Литовской академии музыки и театра.