Родился в семье рабочего.1950 г. — окончил Омский государственный медицинский институт.1950—1956 гг. — работа главным врачом и хирургом Седельниковской районной больницы Омской области.1956 г. — поступил в клиническую ординатуру НИИ онкологии имени Н. Н. Петрова АМН СССР, где в дальнейшем много лет проработал руководителем торакального отделения и заместителем директора по научной работе.Первоначальные исследования были посвящены анатомическому и клиническому обоснованию хирургических вмешательств на лимфатическом аппарате шеи при метастазах рака.1962 г. — кандидатская диссертация «Анатомическая и клиническая оценка операции Крайля» .1969 г. — монография, ставшая потом классической «Радикальные операции на шее при метастазах рака» .1968 г. — организация в Ленинграде системы ранней диагностики рака легкого, которая включала НИИ онкологии имени Н. Н. Петрова, НИИ фтизиопульмонологии и Городской онкологический диспансер.1973 г. — докторская диссертация «Вопросы диагностики и тактики хирургического лечения рака легкого» .1977 г. — учёное звание профессор.1977 по 1989 гг. — являлся председателем специализированного Ученого совета по защите кандидатских диссертаций.1983 г. — Золотая медаль ВДНХ за разработку системы раннего выявления рака легкого в Ленинграде при профилактической флюорографии и внедрение её в практическое здравоохранение.1986 г. — избрание членом-корреспондентом РАМН.1990 по 2000 гг. — являлся председателем специализированного Ученого совета по защите докторских диссертаций.Вагнером начата разработка новых подходов к комбинированному лечению рака языка, лечению рецидивов и метастазов рака щитовидной железы, опухолей слюнных желез, глотки и гортани.
На эту тему написано 5 брошюр, в 2005 г. — монография «Опухоли головы и шеи» , а в 2008 г. — монография «Опухоли легких» .Являлся руководителем научной школы онкологов-клиницистов, под его руководством защищено 18 докторских и 26 кандидатских диссертаций. Много лет работал в составе редколлегии журнала «Вопросы онкологии» .Последние годы занимал должность главного научного сотрудника научного отделения торакальной онкологии НИИ онкологии имени Н. Н. Петрова.