Родился 18 июля 1911 года в Вене. Член НСДАП с 1931 года, СС с конца 30-х годов XX века. Участвовал в убийстве людей с ограниченными возможностями.
Он ответственен за убийство 200 000 узников Собибора. Получил известность как садист, «палач Собибора» , «мясник» , который хвастался, что не идет обедать пока кого-нибудь не убьёт.После войны работал под вымышленным именем в качестве строительного рабочего в Граце, затем ему удалось бежать в Бразилию.Приговорён Нюрнбергским трибуналом к смертной казни (заочно).12 апреля 1950 года был зарегистрирован в Бразилии как Гюнтер Мендель и жил под этим именем до 30 мая 1978 года, когда он был найден Центром Симона Визенталя и по его запросу арестован властями. Запросы Израиля, Польши и Австрии о выдаче Вагнера были отклонены. 22 июня 1979 запрос ГДР также был отклонён.
В своём интервью BBC он заявил, что не чувствует угрызения совести за свою работу.3 октября 1980 года труп Густава Вагнера был найден с ножом в груди. По словам адвоката, Вагнер покончил с собой.