Родился в Потсдаме. Изучал биологию, химию и физику в Берлине и Гёттингене.
С 1969 по 1993 год Вагениц был профессором на кафедре систематики растений в Систематическо-геоботаническом институте Гёттингенского университета. Основные сферы его научной деятельности — это ботаническая систематика и история ботаники.Действительный член Гёттингенской академии наук (1982).Почётный член Московского общества испытателей природы (2012). Герхард Вагениц специализировался на семенных растениях.