Могила Губкина на Новодевичьем кладбище.Губкин родился в Санкт-Петербурге. Его отец — И. М. Губкин, геолог, академик АН СССР.
В 1928 он окончил Московскую горную академию, в 1930-48 работал в Московском институте цветных металлов и золота, заведовал кафедрой обработки металлов давлением. Одновременно в 1944-48 был заместителем директора Институте металлургии АН СССР, возглавлял отдел обработки металлов давлением в этом учреждении.
В 1948 был приглашен на должность директора Физико-технического института АН БССР, основал и возглавил кафедру «Машины и технология обработки металлов давлением» в Белорусском политехническом институте.Губкин подготовил 20 кандидатов наук. Научные труды Губкина посвящены теории пластической деформации и обработки металлов давлением. Им были разработаны математические методы изучения процессов течения металла при прокатке, ковке, штамповке и т. д.; введено понятие о механических схемах деформации; создана классификация технологических процессов, исходя из их влияния на пластические свойства металлов.