Губайдуллин Наиль Шагбинович родился 23 ноября 1928 года в деревне Исламбахты Белебеевского кантона Башкирской АССР, ныне Ермекеевского района Республики Башкортостан.Музыкальное образование получил в 1960 году на теоретико-композиторском факультете Казанской государственной консерватории по специальности «музыковедение» (педагоги Н. Г. Жиганов и А. С. Леман).
С 1960 по 1973 годы Наиль Губайдуллин возглавлял отделение теории музыки в Уфимском училище искусств, преподавал курсы гармонии, сольфеджио, русской музыки и анализа музыкальных форм, педагогики.
С 1964 года учился в аспирантуре Государственного музыкально-педагогического института имени Гнесиных (ныне Российской академии музыки).
В 1968 году защитил диссертацию на тему «История башкирской советской музыки» . Эта работа была первым научным трудом, посвященным истории развития башкирского профессионального музыкального искусства в БАССР.
В 1980—1988 годах работал научным сотрудником Республиканского научно-методического центра народного творчества и культурно-просветительной работы, написал более 50 научных и методических работ.Скончался на 83-м году жизни в апреле 2011 г.