Родился в семье полковника советской армии, военного атташе СССР в Стамбуле и Берне Гончаренко Ф. И. и учительницы ботаники и зоологии Скоробогатой Т. С. Учился блестяще, школу окончил с золотой медалью. Вопреки желанию родителей воспитать сына потомственным военным, с детских лет активно занимался сочинительством. Поэзия стала его призванием.
В 1970 году он с отличием окончил переводческий факультет Московского института иностранных языков имени Мориса Тореза.
На пятом курсе женился на Бородиной Н. Н., студентке Института культуры.
В 1974 году у них родился сын Филипп, в 1980 — дочь Елизавета, в 1986 году — сын Павел.Уже в студенческие годы его стихи и поэтические переводы публиковались в ведущих советских газетах и журналах.
В 1976 году Сергей Гончаренко был принят в Союз писателей СССР.
К тому времени он уже успел зарекомендовать себя как учёный. За кандидатской диссертацией по стилистике поэтической речи последовала докторская диссертация по двум специальностям «Стилистический анализ испанского стихотворного текста: основы теории испанской поэтической речи» . Опубликованные впоследствии многочисленные научные труды С. Гончаренко по теории поэтической речи, общей и частной теории перевода, истории и теории испаноязычной литературы и романской филологии получили признание как в России, так и за рубежом.
Но главное — они нашли воплощение в его переводах более 150 испанских, португальских, латиноамериканских, филиппинских и французских поэтов. Своими научными открытиями профессор Гончаренко поделился с большим числом выпускников Московского государственного лингвистического университета, проректором по научной работе которого он был до последнего дня жизни. А мастерство поэтического перевода он старался передать студентам Литературного института им. Горького. Сергей Филиппович Гончаренко — основатель Ассоциации Испанистов России и Культурного фонда Мигеля Эрнандеса, председатель Комитета по поэтическому переводу ФИТ.