В 1986 году окончил Харьковское высшее военное командно-инженерное училище ракетных войск имени Маршала Советского Союза Н. И. Крылова.
С 1986 по 1998 год проходил службу в должностях инженера отделения, начальника станции, командира роты, начальника отделения, начальника отдела в воинских частях Главного испытательного центра испытаний и управления космическими средствами имени Г. С. Титова.
В 1992 году окончил командный факультет Военной академии им. Ф. Э. Дзержинского.
С 1998 года по 2001 год начальник отдельного командного измерительного комплекса Главного испытательного центра испытаний и управления космическими средствами имени Г. С. Титова.
В 2003 году окончил Военную академию Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации.
С 2003 по 2004 год занимал должность заместителя начальника штаба Космических войск.
С 2004 года по 2007 год являлся начальником штаба — первым заместителем начальника Главного испытательного центра испытаний и управления космическими средствами имени Г. С. Титова.
В 2007 году назначен начальником Центра.Награждение медалью ордена«За заслуги перед Отечеством» I степени.10 декабря 2013 года23 июня 2011 года назначен начальником 1-го Государственного испытательного космодрома Министерства обороны Российской Федерации и занимал эту должность до декабря 2012 года.24 декабря 2012 года указом Президента Российской Федерации генерал-майор А. В. Головко назначен командующим Войсками воздушно-космической обороны.После создания в Вооружённых Силах Российской Федерации нового вида войск — ВКС, Указом Президента Российской Федерации от 1 августа 2015 года № 394 генерал-лейтенант Головко назначен заместителем главнокомандующего Воздушно-космическими силами — командующим Космическими войсками. 10 июня 2017 года присвоено воинское звание генерал-полковник.