Учился в Кузнецком городском училище, затем в Томской классической гимназии. Будучи гимназистом, в конце 1870-х годов являлся одним из видных участников местного кружка самообразования (в нём же участвовал будущий народоволец Б. Д. Оржих). Гимназический товарищ В. С. Осипанова, будущего члена террористической фракции «Народной воли» , казнённого вместе с А. И. Ульяновым за подготовку покушения на императора Александра III.
В декабре 1887 года окончил историко-филологический факультет Московского университета со степенью кандидата.
В период учёбы был близок к Н. М. Ядринцеву и Г. Н. Потанину, разделял их областнические взгляды.
В 1889—1893 годах преподавал русский и французский языки, педагогику и дидактику в средних учебных заведениях Енисейска. Затем перевёлся в тюменское Александровское реальное училище, где преподавал историю, географию и русский язык.18 сентября 1895 года подал в Тюмени в отставку, переехал в Москву и в том же году сдал при Московском университете магистерский экзамен по русской истории. По сдаче экзамена стал там же приват-доцентом по кафедре русской истории. Первым начал читать курс экономической географии Сибири в обоих столичных городах: Санкт-Петербургском политехническом институте, Московском университете и Московском коммерческом институте.Вследствие знакомства с народовольцем В. С. Осипановым проходил в Департаменте полиции как «неблагонадёжный» , что создавало препятствия карьере Головачёва.
В 1903 году он хотел занять должность библиотекаря Томского университета, чтобы быть ближе к местным сибирским архивам, однако не получил это место по причине «неблагонадёжности» , несмотря на положительную характеристику со стороны В. О. Ключевского.
В период 1905—1908 годов редактировал журнал «Сибирские вопросы» и одноимённый периодический сборник.
В 1906—1907 годах заведовал сибирским подотделом провинциального отдела в газете «Страна» у М. М. Ковалевского.
В 1908 году стал одним из учредителей петербургского «Общества изучения Сибири и улучшения её быта» и был избран в состав его правления.
В 1910—1912 годах преподавал испанский язык на Высших женских (Бестужевских) курсах в Санкт-Петербурге.
В 1913 году преподавал историческую географию Сибири в Императорском Московском Археологическом институте.
В сентябре 1913 года скоропостижно скончался в Санкт-Петербурге от кровоизлияния в мозг.