Михаил Николаевич Гернет родился в городе Ардатове Симбирской губернии в семье революционера и учительницы. Старший брат известного педагога-математика Надежды Гернет. Дворянский род отца имел английские корни.
В 1893 году окончил Симбирскую гимназию и продолжил учёбу на юридическом факультете Московского университета.
В 1897 году он окончил университет одним из лучших выпускников факультета; за общие академические успехи и свою дипломную работу «О влиянии юного возраста на уголовную ответственность» он был удостоен золотой медали.Сразу по окончании университета, Михаил Гернет, работая помощником присяжного поверенного, опубликовал свою первую научную работу — «Вопросы адвокатской этики» .
В 1899 году на юридическом факультете Московского университета был создан «Криминальный музей» , заведующим которого в скором времени стал Михаил Гернет.
Он преобразовал его в «Музей уголовного права» . Одновременно он читал в университете курс лекций — «Учение о факторах преступности» .
В 1902 году Гернет получил звание приват-доцента и до ухода из Московского Университета в 1911 году читал курс уголовного права.
В 1906 году Михаил Гернет защитил диссертацию «Социальные факторы преступности» и получил степень магистра права. Одновременно опубликовал серию статей в печати против смертной казни, которые получили широкий отклик в обществе.
В 1911 году, в знак протеста против политики министра народного просвещения, в числе многих профессоров и приват-доцентов, Михаил Гернет покинул Московский университет (см. Дело Кассо).
В том же году его избрали профессором уголовного права Петербургского психоневрологического института.
В 1913 году Михаил Гернет напечатал монографию «Смертная казнь» . Спустя три года, в 1913 году он выпустил ещё одну свою монографию — «Преступление и борьба с ним в связи с эволюцией общества» , которая была удостоена премии Академии наук.
В 1918 году стал профессором юридического факультета 1-го МГУ.
С 1919 года по 1931 год Михаил Гернет совмещал научную деятельность с общественно-политической: он работал профессором кафедры уголовного права и возглавлял работу в Музее Криминологии 1-го МГУ; заведовал отделом моральной статистики ЦСУ РСФСР-СССР и консультантом Наркомпроса.C 1925 года он — сотрудник Института по изучению преступности и преступника.
В 1939 году Академия наук СССР присудила ему учёную степень доктора государственных и правовых наук.