Получив образование по сельскому хозяйству, Геккель посвятил себя естественным наукам с упором на ботанику и орнитологию.
Он считался замечательным иллюстратором и таксидермистом. Позже Геккель специализировался на ихтиологии.
Он тесно сотрудничал с великими ихтиологами своего времени, такими как Жорж Кювье, Ашиль Валансьен и Шарль Люсьен Бонапарт.Известность получила работа Геккеля над коллекцией цихлид своего коллеги Иоганна Наттерера, которую тот собрал во время поездок по Бразилии. Вид цихловых — Acarichthys heckelii — был назван в честь Геккеля.Геккель умер в возрасте 67 лет от бактериальной инфекции, полученной, вероятно, при работе над скелетом кита.