Генри Гейтс родился в Пидмонте (Западная Виргиния) в семье Паулины Августы Коулмен и Генри Луиса Гейтса старшего.
В Йельском университете получил титул бакалавра по истории, затем поступил в Кэмбридж. Там Гейтс работал вместе с Воле Шойинка, будущим лауреатом Нобелевской премии.
В Кэмбридже Гейтс приобрёл степень доктора философии по английскому языку и литературе.После защиты диссертации Гейтс работал в Йельском университете (до 1985 года), затем в Корнеллском университете (1985—1989) и Университете Дьюка (1989—1991).
В 1988 году вышла книга «Означивающая обезьяна: Теория афроамериканской литературной критики» (The Signifying Monkey: A Theory of African-American Literary Criticism) о фольклорных основах афроамериканской литературы; книга получившая награду American Book Award.
В 1991 году Гейтс получил профессуру в Гарвардском университете, где и работает по сей день.