Иоганн Фердинанд Гейфельдер родился 19 января 1798 года в Кюстрине, где отец его служил инспектором плотин. Уже в шестнадцатилетнем возрасте сражался против Франции в коалиционных войнах. По окончании Наполеоновских войн изучал медицину в Берлине, Йене, Вюрцбурге, Тюбингене и Бреславле, где и получил степень доктора медицины 15 марта 1820 года по защите диссертации: «De prosopalgia Fothergilli» .По окончании обучения Гейфельдер много путешествовал и прожил год в Париже, где познакомился со многими выдающимися людьми. Вернувшись в Германию, он поселился в Трире в качестве практикующего врача; кроме обширной практики, он много времени уделял и медицинской литературе, сотрудничая в Harless" Rheinische Jahrbucher, Берлинском медицинском энциклопедическом словаре, Riest"s Handbuch der Chirurgie, печатая некрологи французских знаменитостей и рецензии в критических журналах.
В 1831 году при появлении холеры Иоганн Фердинанд Гейфельдер, хотя и не состоял на службе, был послан в Берлин, а весной 1832 года в Париж для изучения холеры. Плодом его командировки явились две брошюры: «Beobachtungen uber die Cholera asiatica» и «Die Cholera in Frankreich» , за которые он получил медали от прусского правительства и от медицинского общества в Лионе.
В 1833 году он был приглашен князем Гогенцоллерн в Зигмаринген в качестве лейб-медика и начальника медицинского управления, где он реорганизовал управление по прусскому образцу, много внимания посвящал минеральным источникам, продолжал сотрудничество в медицинских журналах и заслужил известность как хирург.
В 1841 году получил приглашение в Эрлангенский университет профессором хирургии и офтальмологии и директором хирургической клиники; а в 1850 году ему было вверено заведование всеми университетскими клиниками.Живо интересуясь только что начавшимися в то время опытами с анестезирующими средствами, И. Ф. Гейфельдер применял их у себя в клинике и опубликовал результат своих наблюдений. Однако недоразумения с сослуживцами на религиозной почве принудили его осенью 1854 года отказаться от своей должности.
В 1855 году, когда в Российской империи в ходе Крымской войны остро ощущался недостаток в врачах, особенно хирургах, Гейфельдер, пользовавшийся большой известностью в качестве оператора, был вызван в Россию и назначен главным хирургом при русских войсках в Финляндии. По окончании войны он служил в Санкт-Петербургской больнице для чернорабочих в качестве профессора-консультанта по хирургии, где в число его обязанностей входило и чтение практических лекций молодым врачам. Затем он был старшим ординатором в Первом Санкт-Петербургском военно-сухопутном госпитале.
В 1866 году по поручению правительства посетил поле военных действий в Богемии и лазареты в Пруссии и Саксонии, о чем напечатал отчет в «Gazette medicale de Paris» в 1867 году.
В том же 1867 году был представителем русского правительства на обоих международных конгрессах в Париже.Последние месяцы своей жизни Иоганн Фердинанд Гейфельдер провел в Висбадене, где и умер 21 июня 1869 года.
Он состоял членом многих ученых обществ, как то Леопольдина и Баденское судебно-медицинское общество, и был сотрудником почти всех значительных медицинских периодических печатных изданий Европы.Его сын Оскар (1828—1890) пошёл по стопам отца, стал доктором медицины и немалую часть жизни трудился в России.