Сын врача и химика. Детство пришлось на Гражданскую войну.
В юношестве много читал. Начал писать с 14 лет.
В 1951 году вступил в коммунистическую партию. Получил юридическое образование в Мадридском университете. Занимал административную должность в правительстве Мадрида. Был дружен с Хуаном Бенетом, Карлосом Барралем, Хайме Хилем де Бьедмой, Хуаном Марсе и Анхелем Гонсалесом. Поклонник творчества Флобера, Пруста, Сартра, Бориса Виана и Сервантеса. Писал стихи. Занимался переводами и литературной критикой.
В 1964 году познакомился со своей будущей женой Марией. У них родилась дочь София.
В 1988 году Хуану Гарсии Ортелано диагностировали рак лёгкого, от которого он впоследствии умер в 1992 году.