Уильям Фрэнсис Ганонг родился 6 июля 1924 года в Нортгемптон, штат Массачусетс, в семье Уильяма и Анны Гобберт Ганонг. Его отец был известным врачом, а мать — геологом. Уильям Ганонг поступил в Гарвардскую медицинскую школу осенью 1941, но был призван в армию Соединенных Штатов после нападения на Перл-Харбор. После Второй мировой войны получил степень бакалавра в Гарвардской медицинской школе, степень доктора медицины, в 1949 году. Служил в армии Соединенных Штатов во время Корейской войны.
В 1955 году Уильям Ганонг начал работать помощником профессора в Университете Калифорнии, Беркли. Тремя годами ранее начал работать в Университете Калифорнии, Сан-Франциско. Был председателем отдела физиологии в Университете Калифорнии, Сан-Франциско, с 1970 по 1987 год.
С 1977 по 1978 гг. был 50-м президентом Американского общества физиологов.
В честь ученого назван LGL-синдром.
Он автор книги «Обзор медицинской физиологии» (Review of Medical Physiology), которую впервые опубликовал в 1963 году.
На сегодняшний день книга выдержала 24 переиздания и переведена на 18 языков.Уильям Фрэнсис Ганонг умер в Олбани, штат Калифорния в 2007 году от рака простаты.