Окончил исторический факультет МГУ (1977) и аспирантуру Института археологии АН СССР (1984). Кандидат исторических наук (1985, диссертация «Медные русские монеты конца XIV–XVI вв.» ), доктор исторических наук (1999, диссертация «Младшие монетные номиналы средневековой Руси» ).
С 2005 года — заместитель директора Института археологии.Первоначальным и основным направлением научных исследований П. Г. Гайдукова является русская нумизматика. Изучению младших монетных номиналов русской монетной системы XIV–XVII веков посвящены две его книги, включившие в себя сведения о 30 тысячах русских монет, разбросанных по десяткам государственных и частных собраний.
В этих трудах впервые проведено детальное исследование всех видов источников и сформулированы общие заключения по различным вопросам существования средневековых русских монет минимального достоинства.
С начала 1990-х годов П. Г. Гайдуков занимается сбором сведений о новых средневековых вислых печатях, а также классификацией и атрибуцией этого важного вида исторических источников. Им изданы биографические очерки нескольких известных археологов и нумизматов, а также списки их печатных трудов.