Сын Карла Гайдингера (1756—1797) минералога и геогноста. Первоначально учился в Вене, в 1812 году отправился в Грац к Моосу, а в 1817 с ним во Фрейберг.
С 1823 года жил в Эдинбурге; перевел на английский язык и издал в исправленном и дополненном виде минералогию Мооса под названием: «Treatise on mineralogy» (Эдинбург, 1825).
С 1827 по 1840 годы состоял на фаянсовой фабрике в Эльбогене, потом в 1840 году перешёл в Вену; в 1843 году начал свои лекции по минералогии; издал в 1845 г. руководство «Handbuch der bestimmenden Mineralogie» ; способствовал возникновению общества любителей естествознания, труды которого: «Naturwissenschaftliche Abhandlungen» (Вена, 1847—1852) и «Berichte uber die Mittheil. v. Freunden d. Naturwiss.» (Вена, 1847—1852) он издал.
В 1847 году издана под его руководством отличная геогностическая карта Австрийской монархии; в том же году получил звание академика, а в 1849 году — директора основанного тогда Геологического института, которым заведовал в продолжение 17 лет и сделал из него образцовое учреждение.
В 1866 г. выпущена им оттиснутая красками геогностическая карта империи, в масштабе 1: 576000. Многочисленные работы Гайдингера напечатаны в специальных журналах. По его инициативе в 1855 году было основано в Вене географическое общество.