Изучал теологию и был певчим в бенедиктинском монастыре родного города, там же был рукоположен в священники в 1473 или 1474 году.
В 1474-75 годах жил в Мантуе.
В 1476-77 годах преподавал музыку в Вероне и Генуе.
С 1478 жил в разных городах Италии, служил капельмейстером в соборах Неаполя, Бергамо, с 1484 капельмейстер кафедрального собора в Милане. Профессор музыки Миланского университета (1497; сам себя гордо именовал Regius musicus). Оставался в Милане и после завоевания города французами в 1500.Титульная иллюстрация трактата Гафури «Труд о гармонии музыкальных инструментов» (1518). Надпись по периметру: Franchini Gafurii Laudensis tria de musicis volumina - theoricam ac practicam et harmoniam instrumentorum - accuratissime scripsit. Стоя на кафедре, Гафури изрекает древнюю истину: Harmonia est discordia concors.