Младший брат Рафаила Габовича (1909—2002), учёного в области гигиены.
В 1937 году окончил физико-математический факультет Киевский университет. Электрофизик.Участник Великой Отечественной войны.
С 1938 года работал в киевском Институте физики АН УССР: в 1961—1965 — заведующим отделом газового разряда, в 1965—1985 — заведующим отделом газовой электроники.
В 1965 стал доктором физико-математических наук (докторская диссертация — «Исследование взаимодействия электронных и ионных пучков с плазмой» ). Область научных интересов — физика газовых разрядов, физика плазменных источников ионов, физика ионно-пучковой плазмы, коллективные взаимодействия пучков заряженных частиц с плазмой. Им был предложен новый способ формирования ионных пучков с границы проникающей плазмы, получивший широкое применение в мире.Обнаружил эффект самодекомпенсации пучков позитивных ионов; создал синтезированную чисто ионизированную плазму; внёс значительный вклад в разработку основ ионно-лучевой сварки.Автор первых в мире монографий по плазменным ионным источникам.Работы М. Д. Габовича и руководимого им коллектива положили в 1961—1962 годах начало новому направлению плазменной электроники — экспериментальному исследованию коллективных взаимодействий ионных пучков с плазмой.
В 1980-х годах по его инициативе начались исследования возможности создания эффективных источников жидкометаллических ионов, перспективных для использования в новейших технологиях в микроэлектронике.