Окончила отделение истории и теории искусства исторического факультета Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова. Работала экскурсоводом Центрального выставочного зала «Манеж» (1981-88), с 1988 года — научный сотрудник теоретического отдела Государственной Третьяковской галереи.
В 1991 году в Москве совместно с Владимиром Левашовым создала Галерею 1.0.Работала обозревателем газет «Коммерсантъ» (1993-2000), «Ведомости» . Шеф-редактор раздела искусства портала OpenSpace.ru (до 2012). Член-корреспондент РАХ (2007).Кандидат искусствоведения (2004). Преподаёт в Московской Школе фотографии и мультимедиа им. А. Родченко современное искусство.
В феврале 2012 года назначена членом комиссии Ассамблеи в Бергене — 2013.Живёт и работает в Кёльне.Постоянно включается в Топ-50 самых влиятельных лиц в российском искусстве по версии журнала «Артхроника» .
В мае 2012 года выступила в СМИ с предложением выбора как стратегии — негосударственного пути развития культуры и общества в России.
В марте 2014 года кёльнская Академия мирового искусства (Akademie der kuenste der Welt) сообщила об избрании Екатерины Деготь своим арт-директором. Этот пост Екатерина Дёготь будет занимать в течение двух лет.
В 2014 году Екатерина Деготь стала лауреатом международной Премии имени Игоря Забела в области теории и культуры, церемония вручения которой состоялась в венском Сецессионе.