ОбразованиеАндрей Юрьевич окончил среднюю школу в городе Ставрополе, после чего год работал строительным рабочим. Затем он поступил на исторический факультет ЛГУ. Специализировался по кафедре истории СССР (ныне — истории России с древнейших времен до XX века).Во время обучения занимался в семинаре профессора Владимира Васильевича Мавродина. Научным руководителем студента был другой крупный специалист по истории Древней Руси — Игорь Яковлевич Фроянов.
В 1980 году, окончив факультет, Дворниченко был зачислен в аспирантуру.
В 1983 году Андрей Юрьевич подготовил кандидатскую диссертацию «Городская община верхнего Поднепровья и Подвинья в XI—XV веках» . Оппонентами при защите работы были ленинградский историк Юрий Георгиевич Алексеев (специалист по военной истории России, Древней Руси и эпохе Ивана III) и московский историк и археолог, специалист по Древней Руси и Смоленщине Леонид Васильевич Алексеев. Историк СПбГУ В. С. Брачев в своей книге о кафедре так описывает это событие: Защита была «горячей» . Если один из оппонентов Ю. Г. Алексеев согласился с выводами и наблюдениями диссертанта, то другой оппонент — московский учёный Л. В. Алексеев выступил против.
В пользу нового концептуального подхода выступили: В. В. Мавродин, Г. Л. Курбатов, А. Л. Шапиро, В. М. Панеях. ВАК признала защиту вполне правомерной и в положенный срок утвердил диссертацию.Работа на факультете и научная деятельностьВ 1982 году Дворниченко стал ассистентом на кафедре.
В 1988 году, уже будучи кандидатом наук, получил учёное звание доцента.
В годы учёбы и работы Андрей Юрьевич активно занимался общественной деятельностью: был председателем студенческого академического совета, начальником штаба гражданской обороны на факультете, был ответственным секретарём, а затем — председателем факультетской приёмной комиссии, заместителем декана по заочному, а также вечернему отделениям. За активную помощь факультету Дворниченко не раз награждался премиями и почётными грамотами.
В том же 1988 году в соавторстве с И. Я. Фрояновым Дворниченко выпустил книгу «Города-государства Древней Руси» , которая стала итогом многолетней работы учёных. Труд имел и имеет важное значение для развития историографического направления, посвящённого изучению Древней Руси. Историки исследовали все земли древнерусского государства, показав становление в них особой политической единицы — города-государства. Авторы опровергли мнение об экономической несостоятельности отдельных русских земель, также в книге был уточнён характер княжеской власти в период распада Киевской Руси.Параллельно с изучением русской истории у Дворниченко возник интерес к изучению истории Великого княжества Литовского. Первые статьи по этой теме Дворниченко написал, будучи аспирантом, а в 1993 году вышла монография Дворниченко «Русские земли Великого княжества Литовского (до начала XVI века). Очерки истории общины, сословий и государственности» , которая легла в основу докторской диссертации ученого. Этот фундаментальный труд был отмечен ВАК как одна из трёх лучших диссертаций по гуманитарным наукам. Основным смыслом исследования стало показание перехода «от города-государства к сословно-аристократической монархии» . Андрею Юрьевичу Дворниченко и его вкладу в изучение белорусской, литовской, украинской истории посвящена отдельная статья в «Энциклопедии Великого княжества Литовского» .Кроме того, интерес к Юго-Западному направлению вызвал у Дворниченко желание заниматься изучением Истории Украины, казацкой историей, историографией истории России. Дворниченко является автором нескольких учебных пособий по истории России.
В 1995 году Дворниченко было присвоено учёное звание профессора, а в 1998 году он стал первым заведующим кафедрой истории для преподавания на естественных и гуманитарных факультетах (общеуниверситетская кафедра). А. Ю. Дворниченко читал курсы по истории Украины и России, сейчас читает курс по историографии, также читает специальные курсы и ведёт семинары.ДеканС 2001 года Дворниченко исполнял обязанности, а в 2002 году решением Ученого совета сменил на посту декана факультета своего наставника Игоря Яковлевича Фроянова.
В этом же году стал редактором исторической серии «Вестника СПбГУ» . При нём на факультете появилась кафедра истории славянских и балканских стран, а в 2003-м он стал заведующим кафедрой истории России с древнейших времен до XX века — крупнейшей и одной из старейших на истфаке.
В 2006 году Дворниченко возглавил редакционную коллегию «Трудов кафедры истории России с древнейших времен до XX века» .
С именем Дворниченко связана модернизация факультета: появилось 6 новых кафедр, среди которых история славяно-балканских стран, предпринимательства и менеджмента и другие, открылись 2 новые специальности — искусствоведение и музеология, появилось 10 научных центров. Факультет остаётся одним из лидеров в области исторического и общегуманитарного высшего образования в Российской Федерации.
На факультете собран сильный профессорско-преподавательский состав.
В декабре 2007 года Дворниченко был переизбран деканом на второй срок.26 сентября 2011 года спустя 10 лет пребывания в должности сложил с себя полномочия декана, при этом сохранив пост заведующего кафедрой. 28 сентября указом ректора назначен заместителем проректора университета по науке и директором Музейного комплекса СПбГУ. Читает лекционный курс «Историография истории России» .