Марат Фуатович Даукаев родился в 1952 году в г. Уфе БАССР.
В 1964—1969 годах учился в Ленинградском хореографическом училище им. А. Я. Вагановой с перерывом на некоторое время из-за болезни родителей.
В 1973 году окончил Пермское хореографическое училище (класс Ю. И. Плахта). Во время учебы в училище его выдвигали на стипендию им. В. И. Ленина.По окончании училища работал солистом Башкирского государственного театра оперы и балета (БГТОиБ) в Уфе, с 1974 года — солист Пермского театра оперы и балета, с 1977 года по 1996 год — солист Мариинского театра (С.-Петербург).
В 1977 году супружеская пара Ольга Ченчикова и Марат Даукаев вместе пришли работать в театр по приглашению хореографа Ленинградского академического театра оперы и балета им. С. М. Кирова Олега Виноградова.Марат Даукаев много танцевал и с прима-балериной Большого театра Надеждой Павловой, был ее партнером на прославившем её II Международном конкурсе артистов балета в Москве.Марат Даукаев ушёл со сцены незаметно. После разрыва с Ольгой Ченчиковой он иногда продолжал c ней танцевать, так как ей сложно было найти партнёра. У них был сын, который умер в дошкольном возрасте от порока сердца, когда артисты уже расстались. По окончании карьеры танцовщика Даукаев работал педагогом-репетитором Мариинского театра (1996-1997).
На Пермской студии телевидения в 1975 году снимался в телефильме «Вступление в балет» , где исполнил с Н. Павловой адажио из балета «Спящая красавица» . Снимался также в телебалете «Анюта» (1982 г., Ленфильм), исполнив партию Студента, участвовал в телеэкранизации балета «Золушка» (1985).
В 1995 году артист был приглашен преподавать в Лос-Анджелес, где познакомился со своей будущей женой, Памелой.
С 1997 года Даукаев постоянно живёт в США, работает педагогом в собственной балетной школе в г. Лос-Анджелесе. Там он снялся в сериале "Значит ты умеешь танцевать".
В 1999 году был назначен балетмейстером Колорадо балета в Центре танца, Денвер, Колорадо.
С 2007 по 2009 год занимал должность художественного руководителя Кировской академии балета в Вашингтоне, а с 2010 году полностью отдался работе в своей балетной школе в Лос-Анджелесе.