Родился в Гатчине Ленинградской области 24 сентября 1961 года. Окончил Кораблестроительный институт (ЛКИ). Некоторое время проработав по специальности, пробовал себя в разных профессиях, серьёзно занимался конным спортом.
В 1996 году окончил режиссёрский факультет Санкт-Петербургской государственной академии театрального искусства (мастерская профессора И. Б. Малочевской).
С 1996 года по приглашению В. Пази работал режиссёром в театре им.Ленсовета.Бутусов обратил на себя внимание уже студенческими работами — «Женитьба» Н. Гоголя (1995) и «Парадоксалист» по «Запискам из подполья» Ф. Достоевского (1996). Дипломная работа «В ожидании Годо» С. Беккета, выпущенная в Театре на Крюковом канале (1996), сделала Бутусова знаменитым: получила сразу две премии на фестивале «Золотая Маска» и была отмечена высшим призом за режиссуру на петербургском фестивале «Рождественский парад» .
В спектакле играли Константин Хабенский, Михаил Пореченков, Михаил Трухин (заменил Олег Федоров) и Андрей Зибров, с которыми Юрий Бутусов впоследствии сделал ещё несколько спектаклей («Войцек» , «Калигула» , «Клоп» , «Смерть Тарелкина» , «Гамлет» ). Говоря о работе в Театре Ленсовета, режиссёр отметил, что там ему «удалось создать внутри свой театр» . Вторым своим «еще одним домом» он называет театр Сатирикон.
В 2002 году он был приглашен туда Константином Райкиным. Первой его постановкой стала пьеса Эжена Ионеско «Макбетт» . Актеры, с которыми он начинал работать в этом спектакле, почти в том же составе продолжают работать с ним и сейчас.
В 2011 году Юрий Бутусов стал лауреатом премии «Золотая Маска» в номинации «Драма / Работа режиссёра» за спектакль «Чайка» по одноименной пьесе А. Чехова.Прекратив с 2004 года свою режиссёрскую деятельность в театре им.Ленсовета, Юрий Бутусов возвращается в этот театр в феврале 2011 года в качестве главного режиссёра театра, где после долгого перерыва ставит преимущественно с молодой частью труппы спектакль «Макбет. Кино» по пьесе Шекспира «Макбет» . Постановки последних сезонов — «Все мы прекрасные люди» по пьесе И. Тургенева «Месяц в деревне» , «Три сестры» А. Чехова.
В репертуар театра включён спектакль «LIEBE. Schiller» по мотивам пьесы Ф. Шиллера «Разбойники» , который вырос из студенческой работы режиссёрского курса Сергея Женовача в РАТИ—ГИТИС, где Юрий Бутусов преподает.
С 20 ноября 2017 года — художественный руководитель театра им.Ленсовета.6 марта 2018 года уволился с должности художественного руководителя театра им.Ленсовета по собственному желанию, указав в открытом письме, что административно-менеджерская структура, действующая в Театре им. Ленсовета и поддерживаемая Комитетом по культуре Санкт-Петербурга, блокирует его работу в этой должности.
В сентябре 2018 года приглашен на должность главного режиссера Театра имени Евг. Вахтангова.