Окончил гимназию в Харькове, затем учился в Харьковской консерватории, в Москве и в Лейпциге. После революции эмигрировал из России в Константинополь, где в скором времени организовал собственный оркестр из 50 музыкантов.
В 1923—1929 гг. преподаватель Афинской консерватории и главный дирижёр её оркестра (совместно с Димитрисом Митропулосом).
В 1931—1933 гг. главный дирижёр хора Венская певческая академия. Выступал в Вене и как оркестровый дирижёр: в частности, в 1935 году дирижировал мемориальным концертом к 20-летию со дня смерти Александра Скрябина: прозвучали концерт для фортепиано с оркестром (солист Роланд Раупенштраух) и «Поэма экстаза» .Затем композитор и дирижёр Русского балета Монте-Карло, вместе с которым переехал в США; автор ряда оркестровок и аранжировок («Безумный Тристан» на основе «Тристана и Изольды» Вагнера, с либретто Сальвадора Дали, 1944; па-де-де Джорджа Баланчина на музыку антракта из «Спящей красавицы» Чайковского, 1945; балет Брониславы Нижинской «Брамсовские вариации» по Вариациям на тему Паганини и Вариациям на тему Генделя Иоганнеса Брамса, 1948). Сочинял также и оригинальную музыку — в частности, одноактные балеты по пьесам Теодора Драйзера «Веселящий газ» и «Весенний концерт» .
В разное время выступал и с другими заметными коллективами — в частности, с Венским симфоническим оркестром, Нью-Йоркским филармоническим оркестром.
В поздние годы частным образом преподавал; среди учеников Бутникова, в частности, американский композитор Кристофер Л. Стоун (известный музыкой к мультсериалу «Чудеса на виражах» и компьютерной игре «Dragon"s Lair» ).Был женат на арфистке Марджори Колл.Примечания Who"s who in California / Ed. by Russell Holmes Fletcher. — LA, 1943. — P.36. Е. Челышев. Времен связующая нить: Статьи. Воспоминания — М.: Наследие, 1998. — С. 270. History. Overview // Официальный сайт Афинского государственного оркестра (англ.) Theodore Dreiser Papers. Appendix D: Location List of Plays by Theodore Dreiser // University of Pennsylvania Library Archive from 1900 to date, Conductors Архивная копия от 4 марта 2016 на Wayback Machine // Wiener Symphoniker: [Официальный сайт] Boutnikoff, Ivan // New York Philharmonic Digital Archives (англ.) Christopher Stone — about Music, Games and Dragon"s Lair: Interview (англ.)