Родился в Париже. Отец его был солдатом в отставке, владевшим табачным киоском, мать — дочерью бургомистра Вецлара. Семья не могла себе позволить дать сыну лицейское образование, и Буссенго самообразовывался, посещая публичные лекции Коллежа де Франс и Национального музея естественной истории.
В 1818 году поступил в Горную школу Сент-Этьена (ныне Высшую национальную горную школу (фр.)русск.).
В Школе свёл знакомство с Б. Фурнероном. Декан Горной школы Л. А. Бонье (фр.)русск., впечатлённый способностями студента, вскоре стал поручать ему проведение экспериментов, и молодой Буссенго доказал, что сталь содержит кремний.
В 1820, через полтора года обучения, он получил диплом с отличием.
В 1822 году по поручению английского горного общества с рекомендацией А. Гумбольдта уехал в Южную Америку, где на протяжении нескольких лет изучал метеорологию и геологические особенности Анд, путешествуя по Венесуэле, Колумбии, Перу, Чили, Эквадору в составе армии генерала Симона Боливара. Буссенго выполнял функции горного инженера, но, за неимением соответствующий должности в штате Боливара, учёный получил чин офицера и дослужился до полковника.
В числе прочих исследований, в этот период Ж. Б. Буссенго изучал землетрясения, тропические дожди, залежи чилийской селитры, определял состав газов в кратерах вулканов, был первым европейцем, поднявшимся на высочайшую (из покорённых на тот момент) вершину — потухший вулкан Чимборасо (Эквадор, 6267 м). Руководил золотодобычей для английской компании.По возвращении во Францию в 1839, Буссенго избирается в Академию наук, затем становится профессором химии в Лионе (впоследствии занимает должность декана Факультета естественных наук Лионской академии (фр.)русск.), затем — в Версальском агрохимическом институте.
В 1841 году, получив место профессора на специально для него созданной кафедре сельского хозяйства и кафедре аналитической химии в Консерватории искусств и ремёсел, он переезжает в Париж. Свои исследовательские работы Буссенго проводил в лаборатории в Бехельбронне (это имение в Эльзасе, ныне называющееся Merkwiller-Pechelbronn, учёный получил, женившись на эльзаске).
В 1848 году Ж. Б. Буссенго избирается в Национальное собрание от департамента Нижнего Рейна, где выступает с республиканских позиций. Тремя годами позже его увольняют с должности профессора за политические убеждения, однако под давлением возмущённого научного мира (коллеги Буссенго пригрозили уволиться полным составом) восстанавливают.
В 1849—1851 годах Буссенго является членом Государственного совета, но с наступлением Второй империи он отходит от политики.Буссенго последовательно был возведён в звания от кавалера до офицера (великого командора) (1876) ордена Почётного легиона.
В 1878 получил медаль Копли (высшую награду Королевского общества).