Иоганн Бургер родился 5 августа 1773 года в австрийском городе Вольфсберге в земле Каринтия в семье врача. Пошел по стопам отца и сперва изучал медицину в Клагенфурте, где получил степень магистра в 1794 году. После трёх лет медицинской практики, он продолжил свои медицинские исследования в университете Вены, затем работал в университете Фрайбурга, где и получил докторскую степень. После этого он вернулся в свой родной город и возобновил врачебную практику.Сначала Бургер, как любитель, увлёкся садоводством, но со временем настолько пристрастился к сельскохозяйственным дисциплинам, что начал серьезно изучать их теоретически и практически и вскоре приобрел известность, как профессор, ученый и опытный практик, ведущий рациональное хозяйство в своем собственном небольшом имении и занимающийся оценкой других имений.Иоганн Бургер умер 24 января 1842 года в городе Вене.