Родился в Кентербери, Кент, Англия, и был самым младшим из пяти детей Уильяма и Мэри (Бент) Буллингер. Его семья происходит из потомков Генриха Буллингера.
Он получил формальное теологическое образование в Лондонском королевском колледже с 1860 по 1861 год, получив степень ассоциата. После получения диплома 15 октября 1861 года, он женился на Эмме Добсон, которая была старше его на 13 лет.
В 1881 году он получил степень доктора богословия от Арчибальда Кэмпбела Тейта, архиепископа Кентерберийского, который упомянул его «выдающееся служение Церкви в департаменте Библейской критики» .Среди друзей Буллингера — известный сионист доктор Теодор Герцль. Они был близкими друзьями, но принимали во внимание веру Буллингера в то, что Библия делает различие между Церковью и иудейским народом.