Основной источник: Родился 6 октября 1971 года в Москве.
В 1988 году — окончил среднюю специальную школу-интернат № 19 с углубленным изучением индийских языков.
В 1994 году — окончил исторический факультет МГУ.
В 1997 году — защитил кандидатскую диссертацию на тему «Древняя Индия в „Индике“ Мегасфена» (научный руководитель — академик Г. М. Бонгард-Левин).
С 1997 года — работает в Институте всеобщей истории РАН.
В 2007 году — защитил докторскую диссертацию, тема: «Аравия, Средиземноморье, Восточная Африка, Индия: межрегиональные торговые связи и формирование единого историко-культурного пространства» .
С 2008 года — ведущий научный сотрудник Института всеобщей истории РАН, руководитель Центра истории древнего Востока.
В 2016 году — избран членом-корреспондентом РАН. Основной источник: Специалист в области истории древнего Востока.
В сферу научных интересов М. Д. Бухарина входят историческая география Южной Азии, доисламской Аравии и Восточной Африки; сравнительное индоевропейское языкознание; история караванной и морской торговли; восточные мотивы (индийские и аравийские) в античной мифологии; историческая география античного мира; история востоковедения.Автор около 200 научных публикаций. Главный редактор альманаха «Scripta antiqua. Вопросы древней истории, филологии, искусства и материальной культуры» ; входит в состав редколлегии журнала «Вестник древней истории» .Член-корреспондент ISMEO (Associazione Internazionale di Studi sul Mediterraneo e l"Oriente, 2013).