По происхождению армянин. Окончив астраханскую гимназию, с 1833 года учился на историко-филологическом отделении философского факультета Московского университета.
В 1840 году окончил отделение восточных языков философского факультета Казанского университета с золотою медалью.Преподавал азербайджанский и персидский языки в Тифлисе (гимназия и женский институт).
В 1845 году был утверждён преподавателем татарского языка (адербейджанского наречия) на факультете восточных языков Санкт-Петербургского университета; адъюнкт с 1849, доцент — с 1864; вышел на пенсию 4 апреля 1870 года. Объём и состав Словаря Будагова — его главного труда — определяется прежде всего тем, что он построен на сравнении лексического материала тех двух классификационных групп тюркских языков, на которые эти последние в ту пору членились ещё чисто интуитивно, а именно групп «турецкой» (по современной терминологии — огузской, или юго-западной) и «татарской» (кыпчакской, или восточной).
В Словаре широкое отражение нашла общетюркская и межтюркская лексика.