Ян Брожек родился 1 ноября 1585 года в польском местечке Курзелув[pl] (ныне — на территории Свентокшиского воеводства).Окончив Краковскую Академию (ныне Ягеллонский университет), он в 1609 году получил степень доктора философии и стал преподавать в альма-матер математику и астрономию. Был сторонником и популяризатором наследия Николая Коперника; в сфере математики занимался теорией чисел (в первую очередь изучением совершенных чисел) и геометрией.
В 1620 году отправился в Падуанский университет изучать медицину; и в 1624 году получил там степень доктора медицины.Закончив обучение в Падуе Ян Брожек возвратился на родину и написал четыре брошюры в защиту Академии против притязаний иезуитов.
В 1636 году принял сан священника и стал доктором богословия, что дало ему сперва кафедру, а затем и ректорство в родной Академии.Брожек отличался большими познаниями в различных научных сферах, что принесло ему большую известность среди учёных-современников.Ян Брожек умер 21 ноября 1652 года в городе Кракове (в Bronowice).