Родился в Бурбуре — небольшом фламандском городе близ Дюнкерка.
В юности переехал в Бельгию, в Генте изучал теологию и философию. Первые научные публикации вышли в 1837 г., это были работы по библейской истории, в частности, истории Иерусалима. Занимался также беллетристикой, однако роман Le Serapeon подвергся нападкам как плагиат одного из романов де Шатобриана. После окончания обучения Брассёр де Бурбур переезжает в Рим, где в 1845 г. принимает духовный сан.
В Риме молодой священник познакомился с аббатом Леоном Гинграсом, который добился назначения Брассёра в Канаду. Весной 1845 г. он через Бостон отправляется в Квебек.
В Квебекской духовной семинарии непродолжительное время занимает должность профессора церковной истории.
В это время он заинтересовался историей Квебекской епархии, в частности, личностью Франсуа де Лаваля (1623—1708), первого епископа Квебека.
В 1846 г. вышла его биография Лаваля — Esquisse biographique sur Mgr de Laval, premier eveque de Quebec.
В 1847 г. из-за конфликта с епархиальными властями Брассёр де Бурбур переезжает в Бостон, где занимает пост генерального викария епархии.
В конце 1847 г. Брассёр де Бурбур принимает решение готовиться к миссионерской деятельности в Центральной Америке, и возвращается в Европу для работы в архивах Мадрида и Рима.Титульный лист книги Брассёр де Бурбура «История Мексики» 1857 года