По рождению принадлежал к семейству Борромео из высшей знати Милана. Двоюродный брат Карло Борромео и кардинала Альтемпса. Учился богословию и праву в Павии, классическим языкам и словесности — в Риме. Испытал здесь влияние Филиппо Нери, Чезаре Баронио, Роберто Беллармино. Папа Сикст V назначил его кардиналом 18 декабря 1587 года.
С 15 января 1587 года кардинал-дьякон Санта-Мария-ин-Домника, с 9 января 1589 года — кардинал-дьякон Санти-Косма-э-Дамиано, с 20 марта 1589 года — кардинал-дьякон Сант-Агата-деи-Готи, с 14 января 1591 года — кардинал-дьякон Сан-Никола-ин-Карчере.
С 17 сентября 1593 года — кардинал-священник Санта-Мария-дельи-Анджели-э-деи-Мартири. 7 декабря 1593 года рукоположен в священники.24 апреля 1595 года он стал архиепископом Милана. 11 июня 1595 года рукоположен в епископы. Активно помогал городу и согражданам в период голода (1628 год) и во время чумной эпидемии (1630 год). Умер 21 сентября 1631 года.