Из дворян.Его младшая сестра Тамара, в замужестве Бороздина-Козьмина, вышла замуж за Б. П. Козьмина.Окончил историко-филологический факультет Московского университета (1907), где учился под руководством профессора П. Г. Виноградова. Свою первую работу опубликовал в 1903 году будучи студентом. Тогда же он посетил Грецию и Италию.
С 1909 г. член-корреспондент, с 1911 г. действительный член Русского археологического общества, секретарь Археографической комиссии Московского археологического общества.
С 1913 — секретарь Московского археологического общества.Участник 9-го Международного конгресса по первобытной археологии во Франции в 1914.
С 1915 г. член Таврической ученой архивной комиссии (ТУАК).
До 1917 г. преподавал историю в Московском народном университете Шанявского.
С 1917 г. профессор Военно-хозяйственной академии РККА.Один из руководящих деятелей «нового востоковедения» , представлял в нeм умеренное крыло, настаивавшее на необходимости взаимодействия с учеными старой школы и использования всех достижений досоветской «буржуазной» науки.
С 1921 — председатель историко-этнологического отделения и член Президиума Всесоюзной научной ассоциации востоковедения при ЦИК СССР.
С 1922 г. действ. член Общества археологии, истории и этнографии при Казанском университете.Был членом редколлегии, активнейшим автором и рецензентом журнала «Новый Восток» , а также серии книг «Восток в борьбе за независимость» . Заведовал отделением Советского Востока Музейно-выставочного комплекса.Член Всесоюзной научной ассоциации востоковедов. Заместитель председателя археологической комиссии московской секции Российской Академии истории материальной культуры.
С 1924 — председатель этнологической подсекции Бюро Съездов Госплана СССР.
В 1924 г. вместе с А. С. Башкировым осуществил поездку в Крым, где обследовали Гераклейский полуостров.
В 1928 г. был торжественно отмечен его юбилей.Преподавал в Институте востоковедения в Москве. Заведующий кафедрой древней истории Московского педагогического института им. А. С. Бубнова (ныне Московский педагогический государственный университет).
В феврале 1935 г. арестован, обвинен в участии в контрреволюционной националистической группе.
В сентябре по распоряжению ОСО на 3 года сослан в Алма-Ату (Казахстан). Находясь в ссылке был преподавателем в Алма-Атинском педагогическом институте.
В ночь с 17 на 18 ноября 1937 г. вновь арестован и уже 1 декабря осужден на 10 лет. Отбывал заключение на Дальнем Востоке, недалеко от озера Хасан. Досрочно освобожден в 1943 году, приехал в Ашхабад, где в эвакуации находилась его сестра с мужем, преподавал там в педагогическом институте, где заведовал кафедрой всеобщей истории.
С 1947 г. профессор.
С 1949 по 1959 — заведующий кафедрой всеобщей истории Воронежского университета.Реабилитирован в 1955 г.Похоронен в Москве на Донском кладбище.Жена Полина Андреевна.Награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.» . И. Н. Бороздин — востоковед-историк широкого профиля, главным образом, историк Крыма. Круг его научных интересов составляли история и историография всеобщей истории, археология, литературоведение, история международных отношений.
В 1915 г. вышло его учебное пособие «Древний мир. Восток» в соавторстве с классиком русского востоковедения Б. А. Тураевым, а в 1918 — аналогичное издание — «Древний мир на Юге России» в соавторстве с Б. В. Фармаковским.Сотрудничал в журналах «Вестник Европы» , «Былое» , «Гермес» , и др.Неоднократно бывал в Татарской АССР, где изучал местные культурно-исторические и этнографические коллекции.Один из основателей и почетный член «Общества татароведения» при Акцентре ТатНКП.
С 1925 руководил экспедицией по изучению татарской культуры в Крыму, снаряженной Крымским ЦИК и Крымским СНК совместно с ВНАВ, экспедиция вела одновременно как этнографическую, так и археологическую работу.