Йозеф Фридрих Николаус Борнмюллер родился в городе Хильдбургхаузен 6 февраля 1862 года.
В 1886 году он совершил свою первую ботаническую экспедицию. Во время этой экспедиции Иосиф Фридрих Николаус Борнмюллер посетил территорию от Балканского полуострова до Греции.
В 1943 году Борнмюллер получил медаль Гете.
Он внёс значительный вклад в ботанику, описав множество видов растений.Йозеф Фридрих Николаус Борнмюллер умер в городе Веймар 19 декабря 1948 года. Йозеф Фридрих Николаус Борнмюллер специализировался на Мохообразных и на семенных растениях, а также на микологии.
Он является автором более 400 научных статей.