Григорий Чхартишвили родился в семье офицера-артиллериста, участника Великой Отечественной войны, кавалера ордена Красной Звезды Шалвы Ноевича Чхартишвили (1919—1997) и выпускницы филологического факультета МГУ, учительницы русского языка и литературы Берты Исааковны Бразинской (1921, Москва — 2007, там же). Отец был уроженцем села Цихисперди (ныне Озургетский муниципалитет), закончил войну в звании майора; семья матери происходила из Таращи.
В 1958 году семья переехала в Москву.
В 1973 году окончил школу № 36 с углублённым изучением английского языка, а в 1978 году — историко-филологический факультет Института стран Азии и Африки (МГУ). Занимался литературным переводом с японского и английского языков, в его переводе изданы японские авторы Мисима Юкио, Кэндзи Маруяма, Ясуси Иноуэ, Масахико Симада, Кобо Абэ, Синъити Хоси, Такэси Кайко, Сёхэй Оока, а также представители американской и английской литературы (Т. Корагессан Бойл, Малкольм Брэдбери, Питер Устинов и др.).Работал заместителем главного редактора журнала «Иностранная литература» (1994—2000), главный редактор 20-томной «Антологии японской литературы» , председатель правления мегапроекта «Пушкинская библиотека» (Фонд Сороса).
С 1998 года пишет художественную прозу под псевдонимом «Б. Акунин» . Расшифровка «Б» как «Борис» появилась через несколько лет, когда у писателя стали часто брать интервью. Японское слово «акунин» (яп. ), по словам одного из литературных героев Чхартишвили (в романе «Алмазная колесница» ), переводится как «негодяй, злодей» , но исполинских масштабов, другими словами, выдающаяся личность, стоящая на стороне зла. Критические и документальные работы публикует под своим настоящим именем.Помимо принёсших ему известность романов и повестей из серии «Новый детектив» («Приключения Эраста Фандорина» ), Акунин создал серии «Провинциальный детектив» («Приключения сестры Пелагии» ), «Приключения магистра» , «Жанры» и был составителем серии «Лекарство от скуки» .
В 2000 году Акунин был номинирован на премию «Букер — Smirnoff» за роман «Коронация, или Последний из Романов» , однако не попал в число финалистов. При этом в том же году был номинирован и стал лауреатом премии «Антибукер» с «Коронацией» .
В 2003 году роман «Азазель» попал в шорт-лист Британской Ассоциации писателей-криминалистов в разделе «Золотой кинжал» .Женат. Первая жена — японка, с которой Акунин прожил несколько лет. Вторая жена, Эрика Эрнестовна, — корректор и переводчик. Детей нет.
С 2014 года работает и проживает во Франции, регион Бретань.