В 1978 году окончил драматическое отделение консерватории в Лилле.
С 1979 года выступал на сцене общества Саламандра при Арт-студии в классических спектаклях «На дне» М. Горького, «Венецианский купец» Шекспира и др. режиссeра Кристиана Риста (1983—1984).Дебютировал в кино в 1979 году в фильме «Антрацит» режиссeра Эдуарда Ниерманса.Среди лучших работ Жака Боннаффе в кино : Жозеф в фильме Жана-Люка Годара «Имя: Кармен» (1983),Бруно в драме Жака Дюллона «Искушение Изабель» (1986, номинация на национальную кинонаграду Франции «Сезар» , 1986),Жак в фильме Тони Маршалл «Салон красоты «Венера» » , 1999),Пьер в комедии Жака Риветта «Кто знает» (2001),главная роль в фильме Рене Фере «Bapteme» (1989, номинация на кинонаграду «Сезар» , 1990).Снимался на французском ТВ.
С 1980 года с большим успехом выступает на театральной сцене как актер (премия «Мольер» (лучший театральный актер), 1991.Жак Боннаффе — известный театральный режиссёр. Его творческое объединение актеров «Компания Фазанов» в 2009 году получила Премию Мольера.