Отец — генерал армии Чехословацкой Республики перед Второй мировой войной.
В 13 лет потерял мать. Закончил гимназию в 1947, но по финансовым причинам был вынужден отказаться от высшего образования. Нищенствовал, занимался контрабандой, несколько раз был арестован. Познакомился с Карелом Тейге, Завишем Каландрой, Владимиром Боудником. Выступал против сталинизации страны, нараставшего антисемитизма.
С конца 1940-х выступал как поэт-сюрреалист, в 1949 участвовал в сборнике Еврейские имена, где впервые прибег к псевдониму, под которым стал впоследствии известен.
В 1950 основал издательство Полночь, первую книгу стихов опубликовал в 1952. Изучал философию и психологию в Карловом университете (1957—1961). Параллельно работал сторожем в Национальном музее (до 1962), позднее — библиографом в Национальной библиотеке (до 1967).
В 1967 получил степень кандидата философских наук.Во время Пражской весны участвовал в «новом левом» «Движении революционной молодёжи» .
В 1970-х познакомился с Иваном Йироусом, писал тексты для знаменитой рок-группы The Plastic People of the Universe.
В период нормализации печатался только в самиздате, где, среди прочего, опубликовал историю мировой философии в 14-ти томах. Социалист с троцкистским, а потом с маоистским уклоном, в философии близкий к марксизму, который соединял с буддизмом, Бонди находился в постоянном конфликте с официальной идеологией. Подписал Хартию-77. Много лет дружил с Богумилом Грабалом, который представил его фигуру его в романе Ласковый варвар (1973, экранизирован в 1989, ) и нескольких других книгах.После Бархатной революции с прежней резкостью критиковал постсоциалистический режим в Чехии, роль и позицию США.
В 1989 переехал в Тельч, а в 1993, в знак протеста против раздела страны, перебрался в Братиславу, где до 1995 преподавал философию в университете. Принял гражданство Словакии. Скончался из за сильных ожогов (заснул с непотушенной сигаретой, от которой загорелась его ночная пижама).По архивным документам, опубликованным в 2004, с 1952 по 1989 (с перерывами) сотрудничал со Службой госбезопасности Чехословакии.Сын от первого брака — поэт Збынек Фишер-младший (род. 1959).