Родился 18 ноября 1905 года в селе Самбек Таганрогского округа, в бедной крестьянской семье.
В 16 лет, после смерти отца, чтобы прокормить семью — двух младших братьев и мать, устроился разнорабочим на Таганрогский металлургический завод. Учился на вечернем рабфаке. Стал электриком, помощником сталевара.
В 1924 году вступил в комсомол.
В 1926 году избран секретарём заводской комсомольской организации.
В 1927 году стал членом ВКП(б) и был направлен Северо-Кавказским крайкомом ВКП(б) секретарём окружкома комсомола во Владикавказ.
В 1929 году получил направление на учёбу в Москву в коммунистический университет.
В 1931 году вернулся в Таганрог, избран председателем завкома партии Металлургического завода.
В 1933 году новый первый секретарь Таганрогского горкома ВКП(б) С. Х. Варданиан обратил внимание на перспективного молодого работника и рекомендовал его секретарём парткома Таганрогского кожевенного завода.
В 1933 году горком рекомендовал Бондаренко Михаила Марковича секретарём парткома на одно из крупнейших предприятий Таганрога — завод «Красный котельщик» .
В 1934 году рекомендован и единогласно избран секретарём парткома Авиационного «номерного» завода — № 31.
В 1935 году по настоянию первого секретаря Таганрогского горкома ВКП(б) С. Х. Варданиана Михаил Бондаренко стал вторым секретарём Таганрогского горкома ВКП(б), курировал промышленность города Таганрога.
В 1930-е годы активно выступал в партийной печати как журналист.Вскоре постановлением Азово-Черноморского крайкома ВКП(б) по распоряжению первого секретаря Азово-Черноморского крайкома ВКП(б), члена ЦК ВКП(б) Б. П. Шеболдаева назначен инструктором Азово-Черноморского крайкома ВКП(б), однако по настоятельной просьбе М. М. Бондаренко Шеболдаев вернул его в Таганрог на должность второго секретаря Таганрогского горкома ВКП(б).После ареста С. Х. Варданиана в 1936 году подал заявление новому первому секретарю Таганрогского горкома ВКП(б) Л. И. Пугачевскому с просьбой освободить его от обязанностей второго секретаря, так как считал себя не вправе исполнять обязанности второго секретаря горкома, пока не выяснится «Дело» с С. Х. Варданианом. Был переведён на хозяйственную работу, где трудился до декабря 1937 года.6 декабря 1937 года был арестован, перевезён в Ростовскую тюрьму и по «делу Варданиана» по 58 статье приговорён к высшей мере наказания — расстрелу..mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote{float: none;padding: 0.25em 1em;border: thin solid #eaecf0}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-source{margin: 1em 0 0 5%;font-size: 105%}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq{margin: 0 -1em -0.25em}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq .NavFrame{padding: 0}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq .NavHead,.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq .NavContent{padding-left: 1.052632em;padding-right: 1.052632em}Военная коллегия Верховного Суда Союза ССР решением от 12 декабря 1956 года за № 4н-021388/56 пересмотрела дело по обвинению Бондаренко Михаила Марковича.Приговор Военной Коллегии от 19 июня 1938 года в отношении Бондаренко М. М. по вновь открывшимся обстоятельствам отменен и дело за отсутствием состава преступления прекращено.БОНДАРЕНКО М. М. реабилитирован посмертно.ПРЕДСЕДАТЕЛЬСТВУЮЩИЙ СУДЕБНОГО СОСТАВА ВОЕННОЙ КОЛЛЕГИИ ВЕРХОВНОГО СУДА СССР ПОЛКОВНИК ЮСТИЦИИ. (А. КОСТРОМИН).mw-parser-output .ts-Конец_цитаты-source{margin: 0.357143em 2em 0 0;text-align: right}В 1957 году Таганрогский горком ВКП(б) (КПСС) по заявлению сына И. М. Бондаренко восстановил в рядах КПСС Бондаренко Михаила Марковича посмертно.