Гюстав Анри Бонати родился 21 ноября 1873 года в Страсбурге в эмигрировавшего из Франции семье аптекаря.
В 1905—1906 путешествовал по Новой Каледонии. Учился аптекарскому делу, как и отец, в 1918 году в Университете Нанси получил степень доктора фармации, защитив диссертацию, представлявшую собой монографию рода Мытник.Бонати занимался определением многочисленных растений, присылаемых в Гербарий Буассье из тропической Азии вместе с Гюставом Бовером и Вильямом Барбе.
В его гербарии хранится множество образцов из Новой Каледонии, собранных Изидором Франом.Несколько лет Бонати был хозяином аптеки в Люре. 2 февраля 1927 года он скончался, заразившись гриппом.
В настоящее время основной гербарий Бонати хранится в Калифорнийском университете Лос-Анджелеса (LA), куда был доставлен при содействии Элмера Дрю Меррилла.