Сын итальянского моряка (однофамильца Наполеона Бонапарта) Хосе Бонапарте родился в Росарио, а вырос в местечке Мерседес, провинции Буэнос-Айрес. Несмотря на отсутствующее формально образование по палеонтологии, он начал собирать в раннем возрасте фоссилии и построил музей в своём родном городе. Позже он стал куратором Государственного университета Тукумана, где в 1974 году он получил почётную учёную степень доктора наук.
В конце 1970-х годов он был ведущим учёным в Museo Argentino de Ciencias Naturales Bernardino Rivadavia в Буэнос-Айресе.