Бонапарт — сын Жерома Наполеона Бонапарта-Патерсона и внук единственного короля Вестфалии, по матери — внук балтиморского железнодорожного короля.Родился и умер (от пляски св. Вита) в Балтиморе, окончил юридический факультет Гарвардского университета.Годы работы Бонапарта в качестве генерального прокурора были отмечены началом планомерного преследования монополий, особенно табачных.
В 1908 году Бонапарт учредил Бюро расследований, которое в 1935 году было переименовано в Федеральное бюро расследований.