Отец Фабиана, Боливар Модуалдо Гедес[pt], был профессиональным футболистом, выступал с 1973 по 1991 год за «Гремио» и ряд более скромных команд.
В 1972 году в составе сборной Бразилии принял участие в Олимпийских играх в Мюнхене.Фабиан Гедес, которого с детства называли Боливаром за свои лидерские качества, начал заниматься футболом в команде «Гуарани» из Венансиу-Айриса из того же мезорегиона штата Риу-Гранди-ду-Сул, где родился сам Фабиан.
В 1999 году стажировался в молодёжной академии «Гремио» , а затем вернулся в «Гуарани» , где дебютировал за основную команду в 2000 году, однако сама команда не участвовала в общенациональных турнирах, ограничиваясь первенством штата.Ещё будучи игроком молодёжного состава, левый защитник привлёк к себе внимание одного из сильнейших клубов Бразилии, «Интернасьонала» , который в 2003 году, наконец, приобрёл Боливара. Игрок довольно быстро приспособился к игре «Интера» , где стал выступать на позиции центрального защитника.
К 2006 году он уже был одним из основных защитников «колорадос» и внёс большой вклад в победу «Интера» в Кубке Либертадорес 2006.После победы в Кубке Либертадорес Боливар отправился в Европу. За два сезона в «Монако» Боливар провёл порядка 6 десятков матчей, а в 2008 году защитник вернулся в «Интернасьонал» .
В середине 2010 года был выбран в качестве капитана своего клуба. Завоевал с «Интером» Южноамериканский кубок в 2009 году и выиграл свой второй Кубок Либертадорес в 2010 году. Боливар отметился победным забитым голом в ворота «Гвадалахары» в первом финальном матче этого турнира (2: 1).
В декабре 2015 года Боливар объявил о завершении карьеры футболиста.
В настоящий момент занимается предпринимательством.