Жозе Висенте Барбоза ду Бокаже был сыном Жуана Жозе Барбозы ду Бокаже и Жозефы Феррейры Пештана. Когда ему было 5 лет, семья уехала в Бразилию.
В 1834 году она вернулась в Мадейру.
С 1839 по 1846 годы Жозе учился в Университете Коимбры.
В 1851 году он стал лектором на кафедре зоологии в Лиссабонском университете, где он преподавал свыше 30 лет.
В 1858 году он стал научным директором и куратором отдела зоологии в Музее естествознания политехнической школы, который был основан для поддержания кафедры.Работа Бокаже для музея состояла в приобретении, описании, а также координации коллекций, которые во множестве поступали из португальских колоний в Африке, таких как Ангола и Мозамбик.
В 1862 году он стандартизировал процесс сбора, подготовки и отправки экземпляров в музей в своей книге «Instruccoes Practicas sobre o Modo de Colligir, Preparar e Remetter Productos Zoologicos para o Museu de Lisboa» .
В 1860 году он успешно вернул несколько коллекций, захваченных во время наполеоновского вторжения в Португалию, в том числе ценные экземпляры, собранные французским натуралистом Этьено Жоффруа Сент-Илером (1772—1844) в Бразилии.
В 1875 году он был избран вице-президентом Королевской академии наук в Лиссабоне.
В 1880 году он оставил преподавательскую и научную работу, но остался директором музея.
Он был министром морского флота, а с 1883 по 1886 годы — министром иностранных дел Португалии.Бокаже опубликовал более 200 научных статей о млекопитающих, рептилиях, амфибиях и рыбах.
Он отвечал за идентификацию многих новых видов, которым он давал имена натуралистов, которые их собрали. Несколько таксонов животных острова Сан-Томе и Пиренейского полуострова, такие как ибис Bostrychia bocagei и ящерица Podarcis bocagei, были названы в честь Бокаже.
В его честь в 1905 году было переименовано зоологическое отделение Национального музея в Лиссабоне в Музей имени Жозе Висента Барбозы ду Бокаже.
В 1978 году при пожаре музей был почти полностью разрушен.