Учился на историческом факультете Пермского университета. Во время учёбы активно сотрудничал в газете «Пермский университет» . Окончил университет в 1964 году, сразу став аспирантом известного историка Л. Е. Кертмана. Около двух лет он учился здесь, постоянно переписываясь и консультируясь с крупнейшим египтологом М. Э. Матье.Поскольку египтология, которой был увлечён Е. А, Богословский, была вне сферы научных интересов Л. Е. Кертмана, он поступил в аспирантуру Государственного Эрмитажа, где его научным руководителем стал Б. Б. Пиотровский.
С 1968 года — научный сотрудник Ленинградского отделения Института востоковедения.
В 1968 году защитил кандидатскую диссертацию («Слуги фараонов, богов и частных лиц» ), в 1986 году — докторскую диссертацию «Древнеегипетские мастера (по материалам из Дейр эль-Медина)» .Специализировался по социально-экономической истории Египта эпохи Нового царства. Был одним из крупнейших в мире знатоков памятников из фиванского некрополя в Дейр эль-Медине.Памяти Е. С. Богословского были посвящены Петербургские египтологические чтения 2011 года; ему же посвящён сборник, содержащий материалы этих чтений.