Сергей Богданченко родился 21 февраля 1969 года в станице Вознесенская Лабинского района Краснодарского края. Окончил Вознесенский механико-технологический техникум.
В июне 1988 года он был призван на службу в Советскую Армию. После увольнения в запас окончил СПТУ № 28 в Лабинске, работал на одном из городских предприятий.
В 1994 году Богданченко поступил на службу по контракту по внутренние войска МВД РФ. Участвовал в первой чеченской войне, штурмовал дворец Дудаева в Грозном.
В 1996 году окончил экстерном курсы при Санкт-Петербургском высшем военном командном училище ВВ МВД РФ.
С ноября 1997 года в звании старшего лейтенанта командовал взводом группы специального назначения, с ноября 1998 года — в армавирском отряде специального назначения.