В мае 1455 года после гибели своего отца Эдмунда Бофорта в первой битве при Сент-Олбансе Генри Бофорт унаследовал его владения и титулы.
В первой битве при Сент-Олбансе, где погиб его отец, Генрих Бофорт был тяжело ранен. Командовал ланкастерской армией в битве при Уэйкфилде (1460) и во второй битве при Сент-Олбансе (1461), где разгромил йоркистские войска.
В марте 1461 года герцог Сомерсет, был одним из командиров ланкастерской армии, разбитой йоркистами в битве при Таутоне, после чего вместе с королевой Маргаритой Анжуйской был вынужден бежать в Шотландию. Его титулы и владения были конфискованы по приказу нового короля, Эдуарда IV.Летом 1461 года Генрих Бофорт отправился во Францию, чтобы провести с королём Франции Людовиком XI переговоры о помощи, но тот приказал арестовать герцога. Вскоре он был освобожден и вернулся в Шотландию, не получив никакой помощи от Франции.
С территории Шотландии Генрих Бофорт совершал набеги на английские земли и захватывал пограничные замки. Во время осады замка Бамбург в 1462 году был взят в плен Ричардом Невиллом, 16-м графом Уорвиком. Позже он был помилован Эдуардом IV, а в мае 1463 года ему были возвращены все его титулы и земли.
В 1463 году герцог Сомерсет находился при королевском дворе в качестве военного советника Эдуарда IV, но в конце 1463 года вновь перешел на сторону ланкастерской партии.25 апреля 1464 год ланкастерская армия, возглавляемая герцогом Сомерсетом, была разбита йоркистами в битве при Хегли-Муре, а 15 мая — в битве при Хексаме, во время которой герцог попал в плен и был казнён.